本基金會組織架構如下圖所示,最高權力機構為董事會,董事會每三年改選一次,董事長由董事會依捐助章程推選之,董事長對外代表本基金會並綜理本會一切會務,董事長下設執行長一人協助董事長擬定及推動會內各項發展計畫,執行長下設總幹事一人協助執行長綜理會內各項實際會務之推動,總幹事下設營建技術組、教育訓練組、行政組、會計組及服務組五組,分別負責會內之營建技術服務、教育訓練服務、日常會務、財務管理及輔導推廣之執行業務。本基金會共設六個委員會,分別為技術研發、教育訓練、會務推展、服務、鑑定及兩岸發展委員會,每委員會設主任委員一人及委員若干人,各自負責發展相關之業務,並對董事長負責。