本基金會組織架構如下圖所示，最高權力機構為董事會，董事會每三年改選一次，董事長由董事會依捐助章程推選之，董事長對外代表本基金會並綜理本會一切會務，董事長下設執行長一人協助董事長擬定及推動會內各項發展計畫，執行長下設總幹事一人協助執行長綜理會內各項實際會務之推動，總幹事下設評鑑組、教育訓練組、行政組及會計組等四組，分別負責會內之營造廠評鑑服務、教育訓練服務、日常會務及財務管理之執行業務。本基金會共設五個委員會，分別為技術研發、教育訓練、會務推展、服務、及鑑定委員會，每委員會設主任委員一人及委員若干人，各自負責發展相關之業務，並對董事長負責。